Základem soutěžního programu je pečlivý předvýběr filmů dramaturgickým týmem, který celoročně mapuje aktuální produkci a kromě samostatně přihlášených filmů do soutěže i aktivně oslovuje produkce pohybující se na poli vědeckého dokumentu. Každý rok se na festival přihlásí několik tisíc snímků z celého světa, ze kterých dramaturgové vybírají filmy do soutěžních sekcí festivalu. Následně během festivalu odborné poroty složené z českých i zahraničních tvůrkyň a tvůrců, producentek a producentů, vědkyň a vědců  i publicistek a publicistů vybírají vítěze jednotlivých soutěžních kategorií. Cenu diváků pak udělují samotní návštěvníci festivalu, studentskou cenu udělují zástupci ze všech osmi fakult Univerzity Palackého v Olomouci.  Vítězné snímky v jednotlivých kategorií se promítají poslední den festivalu na všech promítacích místech.

Pod taktovkou dramaturgického týmu každoročně vzniká celý festivalový nesoutěžní program, tzv. programové sekce. Programové sekce festivalu se vždy zabývají aktuálními společenskými a vědeckými tématy (v minulých letech např. Závislost na oceánech a technologiích, Utopie/Dystopie, Space & Place, Adaptace, Na zdraví, Zóna). V rámci zvoleného tématu každý dramaturg či dramaturgyně připravuje svou programovou sekci a vybírá ty nejkvalitnější filmy z prestižních evropských i světových produkčních společností. Součástí hlavního programu jsou rovněž přednášky a prezentace předních vědkyň a vědců. Každý rok se snažíme reflektovat témata, která hýbou společností a jsou dle našeho úsudku zcela zásadní pro další směřování lidstva a jeho pokrok.

V rámci doprovodného programu pro AFO geeky vymýšlíme nové akce a dobrodružství ze světa vědy a filmu, a to nejen během festivalu ale po celý rok. Fanoušci se tak mohou těšit na různé výstavy, workshopy, speciální promítání nebo procházky. Necháváme naši fantazii pracovat na plné obrátky, abychom pro naše návštěvníky připravili opravdu jedinečné zážitky. Mohli jste tak zaregistrovat obří ledovou kostku s festivalovou grafikou na Horním náměstí, zažít virtuální realitu v Auditoriu Maximu, obdivovat graffiti a street art v olomouckých ulicích, zkouknout venkovní promítání na náměstí, ochutnat speciální vědecký drink nebo prozkoumat možnosti 3D tisku.

Hudba je taky věda. Každoročně sledujeme, co nejlepšího se objevuje na české i zahraniční scéně, a propojujeme skvosty na poli hudby a aktuální programová témata festivalu. Hudební program AFO se tak stal již zavedeným pojmem na olomoucké kulturní scéně. Návštěvníci se mohou těšit na experimenty se zvukem, na mladé talenty i na boření hranic mezi žánry. 

Programová sekce AFO Junior je určena pro nejmenší diváky a divačky AFO. V rámci této sekce připravujeme tematicky zaměřené workshopy, 3D projekce špičkových filmů z dílny britské BBC a další doprovodné akce s našimi festivalovými partnery. Speciální festivalový program pro děti připravuje Divadlo na Cucky i Pevnost poznání ve spolupráci s ČT:D. Kreativní dílny, taje animace a virtuální reality, pohybové dílny nebo celá interaktivní odpoledne plná příběhů a dobrodružství ze světa přírody a vědy, takovýto skvělý program si pro vaše děti připravují ti nejpovolanější na vzdělávání a zábavu v jednom! 

Desítky populárně-vědeckých dokumentárních snímků každý rok na podzim představuje AFO v kinech po celé České republice. Cyklus večerů s filmy a vědou AFOKino pořádá festival Academia Film Olomouc již tradičně ve spolupráci s olomouckým kinem Metropol. V minulosti jste se mohli stát svědky osudu průzkumných sond Voyager II a Voyager I, které do vesmíru vyslala NASA v srpnu a září 1977, zasadit brambory s Mattem Damonem na Marsu ve speciální projekci Marťana nebo se stát svědky vizionářské sci-fi režiséra Denise Villeneuva Blade Runner 2049, Příchozí a Duna.